2009年05月14日

Cytoscapeを使ってみた

オープンソースのbioinformatics向けソフトウェアプラットフォームで、ビジュアル化がすごい。
http://www.cytoscape.org/

ちょっと使ってみたが、インストールして約1時間でこんな図ができた。
cytecope-exam.jpg

これの元データは以下の感じ。
node32  pp      node33
node31  pp      node32
node22  pp      node23
node21  pp      node22
nod4    pp      nod5
nod3    pp      node31
nod3    pp      nod4
node12  pp      node13
node11  pp      node12
nod2    pp      node21
nod2    pp      nod3
nod1    pp      node11
nod1    pp      nod2
posted by tshibata at 23:55| Comment(0) | TrackBack(0) | Linux

2009年04月05日

Netbook と Linux

最近はNetbook に Linux を入れて売る会社が見えてきた。
Acer, Dell, HP など。 これはNetbook の価格競争に勝つために低価格で出すことを目的にしているのであろうと考えられる。
Netbook で何をするか、メール、Web程度であれば、gmail と FireFox でできるから。

Newyork timesの記事では、そのために WindowsXP を使う場合、MicrosoftはPCベンダーに$25をチャージしていて、Linux にすればそれが $3 で済む、と書いてある。
また、Windows Vista の場合は$73 で XPの3倍とも。

また Atom でなく、ARMプロセッサを利用すると約$20の節約になるとも(ただし、ARM版のWindowsはない)

なので、googleの Android + ARM にすれば、 WindowsXP+Atom に比較して、
(25-3)+20=$42
42ドルの節約になる、という計算になる。

問題はこれがPCとして使えるのか? ということになるが...


http://www.nytimes.com/2009/04/02/technology/02netbooks.html?pagewanted=1&_r=1


posted by tshibata at 08:23| Comment(0) | TrackBack(0) | Linux

2009年03月05日

LinuxカーネルとOpenPGP

Linux kernel アーカイブ(kernle.org)に置かれたファイルは自動的にOpenPGPでサインされる。この目的はファイルが Linux Kernelアーカイブにオリジナルに置かれたものであるかどうかを保証するもので、ファイルがミラーやその他の場所に置かれても大丈夫.

LinuxカーネルのOpenPGPキーは
http://www.kernel.org/signature.html
に常に公開される。
このOpenPGPキーはすべてのバージョンのGnuPGで利用可能。(GnuPG5.0も含む、また1.0.6以上が良い)

gpgコマンドを使ってダウンロードしたものが正しいか調べることになるが、その前にやっておくことは、 gpg --import でキーを入手すること。 キーは PGPキーサーバーに
ある。
たとえば

hkp://wwwkeys.pgp.net/0x517d0f0e ( http://wwwkeys.pgp.net:11371/pks/lookup?op=get&search=0x517D0F0E)

このキーサーバから自分のマシンにインポートするには
 gpg --keyserver wwwkeys.pgp.net --recv-keys 0x517D0F0E
を実行する。

その後、ダウンロードしたカーネルのtarball を調べるには
 gpg --verify linux-2.3.9.tar.gz.sign linux-2.3.9.tar.gz
のようになる

Ketchup を使う場合にも、キーをインポートしておくと自動的にチェックしてくれる。

posted by tshibata at 23:01| Comment(0) | TrackBack(0) | Linux

2009年03月01日

ブログの最初の写真を貼る

さくらインターネットでのブログの背景写真を入れ替えた。

contry という背景データを使っていたが、自分で取ってきた写真に変えたいと思い、cssを参照。
そうしたら、これまでのファイルは banner.jpg というファイルで、750x300ピクセルの画像であったことが判明。
なので、自分で取った写真を GIMP で加工し、750x300のサイズに直したあと、自分のサーバにupload して、その後のURLごと country のCSSの中の該当ファイルを変更したら入れ替えに成功した。

同じことをやるのであれば、当然ながら、at your own riski で。

posted by tshibata at 22:37| Comment(0) | TrackBack(0) | ブログのカスタマイズ

JLSとLinuxcon

2/25 LinuxFounadtion のシンポジウム。
Craig Ross の説明にプロポーザルの書き方の話があった。
それから、ペーパーは要らない。プロポーザルが通ったら、そのままプレゼンをするのみ。
これなら大丈夫かも。

4・15がデッドラインとのこと。

posted by tshibata at 22:32| Comment(0) | TrackBack(0) | Linux

2009年02月14日

デスクトップPCのバッテリ

Linuxのテストのために古いPCにメモリを増設して、Fedora10をインストールした。
マシンは1GHzのCelron でマザーボードはATフォームファクターの VA-6GA7というもの。
ちょー前時代の異物的存在。メモリはアキバのジャンクショップ買った。PC-100なんてもう正規品の店には置いていないので、ジャンクショップで256MB=500円というものを2枚買って、512MB,
さらに128MBを追加して、640MBのメインメモリマシンを作りなおした。
Fedora10でもまずまず動作する。

今後はこのマシンでカーネルのコンパイルとテストをすることにしよう。
...と思っていたら、ブート時にCMOSのエラーがでて F1で継続しないとブートのたびにストップしてしまう。
このマザーボードのマニュアルをよーく見てみたが、ボタン電池の規格が書いておらず、仕方が無いので箱を開け、直接確認。

だいたい、マザーボードのバックアップ電池は CR2032 だとは思っていたが、予想どおり。
それでは買いに行こうと思ったら自宅の買い置き電池の中に合った。なーんだ。

posted by tshibata at 21:26| Comment(0) | TrackBack(0) | Linux

emacsでの shift+space

emacs ではこれまで canna を使っていたが、anthy に切り替えている。
だけどいろいろLinux をインストールしなおしていつも引っかかるのが、shift+space の問題。
Anthy ではshift-space で scim が on/offしてしまうので非常に使いにくい。
解決策として、.bashrc に以下の記述を追加する。

    alisa emacs="XMODIFIERS=@im=none emacs"


posted by tshibata at 08:21| Comment(0) | TrackBack(0) | Linux

2009年01月05日

さくらのブログにアクセス解析を追加する

さくらのブログはアクセス解析がついているが日にち毎の情報なのでもう少し分かるのが欲しくなった。
いろいろ探した結果、apricot が良さげ。
http://www.lovpop.net/apricot/

参考にしたページとして:
http://support.sakura.ad.jp/support/manual/rs/tech_cgi.shtml

http://dotfav.jpn.org/blog/archives/2006/02/18/194539.php
を参照し、パーミッションを755にして
/home/アカウント名/www/
の下にインストールした。

さらに apricotの使い方の記述には以下がある:
  • "ユーザ" の "オプション" ページの "解析タグ" をコピーする
  • カウント対象ページの HTML に "解析タグ" を貼り付ける


これは、さくらのブログにlogin後、マイブログ->デザイン->HTMLで HTMLの追加を選択し、表示されたHTMLの中で <body> の直後に apricotから言われた解析タグを cut & paste し、名前を newHTMLとしてセーブ、再構築のボタンが出てきたのでやってもらった。

どうやらこれで大丈夫らしい..


posted by tshibata at 22:29| Comment(343) | TrackBack(0) | ブログのカスタマイズ

2008年12月30日

RedHat のビジネス実績

http://investors.redhat.com/releasedetail.cfm?ReleaseID=355633
に RedHat の2008年3Qの実績が公開されていた。
3Qの実績の売上は$165.3Mで昨年同期比22%アップ。うちSubscription は135M$ということで、ほとんどはこの Subscription から得ている。

さらに過去に遡ってみたら以下のような感じ。

2008 2Q:  164.4M$  29%up
2008 1Q:  156.6M$  32%up
2008年の1Qから3Qの実績に加えて、4Qが3Q同じと仮定すれば、650M$程度になるか?

2007年の Annual report からは、
2008/2/28 時点の売上(2007年度実績)は 523M$, 2006年度は400M$. 2005年度は 278M$ということだった。

ここからすれば、2009年度は前年に比較して25%程度up ということになる。

このようにうまく行っているのは RedHatだけなので、いずれもっと深く研究しなけければならないなあ、と思う
http://investors.redhat.com/downloads.cfm

http://investors.redhat.com/events.cfm
が参考になる

posted by tshibata at 23:58| Comment(0) | TrackBack(0) | Linux

2008年11月26日

メンテナの仕事

Linux Foundation のシンポジウムのパネルの話から。
カーネルメンテナーの仕事は何か?
担当している領域のパッチを集める
それらが十分品質がよいかレビューなどで見極める、またデザイン・設計としてどうなのかを判断する。
ソースコードや実装上大丈夫であっても、メンテナンス面での課題などさらに長期的な視点でも判断する。
当然、必要な部分については自身で開発もする、またバグのFIXも必要なら自分で実施する。

大きなサブシステムを持っている賢いメンテナの場合には、自分の回りの信頼できる人を育てて、自分のカバーしきれない部分について支援してもらうようにすることも行う。そのような場合には、弟子と師匠の関係のような深い絆のようなものになる場合もある。

このようにメンテナというのは単にパッチをたくさん出すだけでなく、まさに担当領域の管理人というような役割といえるだろう。

posted by tshibata at 22:02| Comment(0) | TrackBack(0) | Linux