http://www.cytoscape.org/
ちょっと使ってみたが、インストールして約１時間でこんな図ができた。
これの元データは以下の感じ。
node32 pp node33
node31 pp node32
node22 pp node23
node21 pp node22
nod4 pp nod5
nod3 pp node31
nod3 pp nod4
node12 pp node13
node11 pp node12
nod2 pp node21
nod2 pp nod3
nod1 pp node11
nod1 pp nod2
